Yaşar Üniversitesi Genel Sekreteri, öğretim elemanları dışındaki Üniversite personelinin idari amiri olup, Rektör'e bağlı, Üniversite'nin idari işlerinden sorumlu en üst düzey yetkilisidir. Yetki ve görevleri arasında, Protokol, Basın ve Halkla İlişkiler, Bilgi İşlem, Sağlık Kültür ve Spor, Finansman, Personel işlemlerinin düzenlenmesi, öğrenci işleri, destek hizmetleri kapsamında tesislerin işletilmesi, onarımı, bakım ve korunması, ulaştırma, güvenlik işleri ve üniversite adına her türlü malzeme alımı gibi işler yer alır. Genel Sekreter, Mütevelli Heyeti'nin, Senato'nun ve Üniversite Yönetim Kurulu'nun raportörlüğünü yapar.